Waid

Буду краток.
Запрет на автоматическое обновление, редактируем в файле конфигурации wp-config.php, использую специальные константы.
Например, для полного отключения автоматического обновления нужно использовать константу AUTOMATIC_UPDATER_DISABLED:

define( 'AUTOMATIC_UPDATER_DISABLED', true );

Учтите, это отключит также автоматические обновления плагинов, шаблонов, языковых пакетов.

С помощью константы WP_AUTO_UPDATE_CORE можно управлять автоматическим обновлением ядра Вордпресс.

Значение minor – разрешить автоматическое обновления только на технические релизы (например с 3.9 на 3.9.6 и тд)
Значение false – отключит автоматическое обновление ядра
Значение true – включит автоматическое обновление для всех релизов.

define( 'WP_AUTO_UPDATE_CORE', false );

Надеюсь проблем не возникнет больше.
Если будут вопросы обращайтесь, первая cms с которой я начинал была именно WordPress, по тому могу быть полезен.